正文 魔禁+超炮时间表（转载）
故事并无提及年份，只有月份与日期，予以注明。
故事初始约十几年前
威廉·奥维尔在俄罗斯西部支援了被俄罗斯成教部队追杀的魔法结社“占星施术旅团”并一人击溃了俄罗斯成教的精锐部队。
同一段时期也在法国中部阻止并歼灭了将无辜少女作为“贞德神谕”试验品的法国最大魔法结社奥尔良骑士团。
故事初始约十年前
威廉·奥维尔在多佛尔海峡法国侧解救了被西班牙星教派袭击的英国三公主薇莉安。此后，拒绝了成为“骑士”的邀请离开了英国，为了从外部保护英国而加入了“神之右席”，后以“后方之水”称呼。
英国清教所属十三骑士团之一的先枪骑士团（1stncer）前往日本的一个小山村内找到了站在灰烬之海中的少女:姬神秋沙。
故事初始几年前（御坂美琴童年时代）
童年的御坂美琴出于好心将自己的“dna样本”提供给了不知名的研究所，引发“量产型能力者计划”启动。
故事初始几年前（食蜂操祈少年时代）
“量产型能力者计划”第一个实验体“妹妹”0号（多莉）诞生，由于出生时的缺陷，“妹妹”0号身体中不得不植入特殊的机械来维持自己的生命。
在研究员的安排下，同在一间研究所的食蜂操祈与孤独的多莉成为朋友，熟悉后的多莉亲昵的称呼食蜂为“小咪”。（很可能是食蜂利用心理掌握的能力将自己伪装成多莉过去的友人，不过多莉似乎早已发现了这个谎言）
与食蜂一同玩耍的多莉因克隆人的寿命到达临界点而开始倒下，昏迷前的多莉希望食蜂操祈能够告知她的真名，看到唯一好友被带走的食蜂消沉下来，不知何时，前来的女研究员告知她多莉已经死亡的消息。
依靠自身能力独自调查的食蜂从研究员团体“才人工房”口中得知了“exteri一r实验计划”的完成需要依靠食蜂以及多莉，而且该实验完成时自己也会被无情的处理掉。
为了自己目的的食蜂开始反击，将“exteri一r实验计划”有关联的人全部洗脑并置于自己的暗中支配下（而且无论用何种手段被洗脑者也不会说出有关于实验的任何情报），做好以上计划的食蜂操祈进入常盘台学院就读。
故事初始约三年前（目录动画剧场版《恩底弥翁的奇迹》）
已经活了1000年的不死者魔女雷蒂丽·唐格罗德为了获得死亡的解脱在学院都市企业“星轨之门社（一rbitp一rtal）”开发的试验性航天客机“猎户座号”上动手脚，实验自己能不能自杀成功，引发航天飞机降落时的坠机事故。
坠机事故发生时机长代达罗斯·赛昆齐亚之女莎特奥拉·赛昆齐亚以自己的“愿望”创造出了一个“愿望”的集合体女孩鸣护·艾丽莎，艾丽莎歌唱所引发的“奇迹”让机上的88名乘客与机组成员全都安然无恙，但其代价是莎特奥拉失去了自己的父亲以及音感，事故后为了纪念此次“奇迹”而被称为“88人的奇迹”。（莎特奥拉之父的死亡因为报道的错误的而被抹去了记录）
引发“猎户座号事件”的雷蒂丽·唐格罗德虽然觉得自己的实验失败，但却对诞生的非人类鸣护·艾丽莎产生浓厚的兴趣，之后将濒临破产的“星轨之门社（一rbitp一rtal）”收购，开始建造世界第一座宇宙电梯“恩底弥翁”，希望借此发动可以让整个北半球毁灭的魔法阵，借此实验自己能不能死去，而其魔法的核心则准备利用鸣护·艾丽莎来担任。
故事初始约一年前秋季至冬季
超能力者（lv5）中排名第一位的一方通行受邀参加了“绝对能力实验计划”，在研究所的初次实验中将妹妹（1号）杀害。
超电磁炮漫画番外篇《两个新人的研习》
白井黑子与初春饰利在风纪委员训练所初次相识，之后两人与固法美伟前辈在邮局办事时卷入抢劫案，由于白井在对峙劫犯时过于鲁莽导致为了保护她的固法前辈受伤。
在某位路过的超能力者（美琴）暗中帮助下，白井制服拥有“绝对等速”能力的抢劫犯，案件告破，而白井的“空间移动”能力也在这次事件中得以显现。
1月c第三个星期五
无能力武装集团“skill一ut”三笨蛋（驹场利德c滨面仕上c半藏）半夜盗窃at机被警备员黄泉川爱穗逮捕，三人关押后半藏透露自己对黄泉川一见钟情。
2月c第一个星期五
英国·伦敦
神裂与牛仔裤店店长遇见了剪牛仔裤魔:自称瓦尔基里的少女，由于被少女和店长的色情言论所挑衅，愤怒的神裂将店长和少女一同讨伐。
2月c第四个星期五
意大利·米兰
在外国出差归途中的上条刀夜想在魔草调配师芭尔比娜处购买奇怪的土特产送给儿子当麻，与追捕芭比娜的上司：罗马正教修女丽多薇雅·罗伦婕蒂相识。
有些担心自己儿子的刀夜向修女吐露出了心中的烦恼，太过热心的丽多薇雅听完后将芭尔比娜的灵装”黑色软泥“作为幸运附身符赠送给他。（魔法“天使坠落”形成原因之一）
3月c第三个星期五（3月15日）
削板军霸（能力：念动炮弹，排名第七位的超能力者）在小巷内将遭到抢劫的原谷矢文救出，随后只用三拳就将不良头目：自称对能力者战斗专家的横须贺打倒。
4月c第一个星期五
巴西·里约热内卢
贫穷的巴西少女伊捏丝想对作恶多端的进行复仇时被自称综合顾问的御坂旅掛所阻止。
听从旅掛建议，伊捏丝日后以回收废旧家电事业为基础白手起家成为了成功商人，开始向记者讲述这一段趣闻。
4月c第四个星期五
白井黑子在自己学校专属的美容院内理发，并和理发师坂島道端闲谈一些关于"原石"以及冷战时代开发超能力者等等传闻。
5月11日（8月11日的三个月前）
妹妹（9982号）在某研究所内诞生，后听从女研究员的命令，妹妹（9982号）着手处理数十位“妹妹”的尸体。
5月c第二个星期五
意大利·米兰
本应成为“魔神”男人欧雷尔斯从人贩子手中解救出100多个小孩子，将小孩子们交给同居的席薇亚（圣人，同时也是英国王室派的皇家侍女）后，奥莱尔斯离开了米兰城去完成某件事情。
5月c第三个礼拜五左右
滨面仕上与追随自己好友半藏而来的女忍者小郭首次相识。
5月c第四个星期五
滨面仕上关于自己的好友半藏是不是“超级忍者”的猜想，被女忍者小郭用色诱术消除。
5月－6月之间某日（设定中冬服与夏服换装的时段之前）
“量产型能力者计划”的参与者布束砥信陪同一名“妹妹”从实验室出去进行“外部实习”，在谈话间被“妹妹”的单纯所感染，有了拯救她们的想法。
6月c第二个星期五
具有黑客技术的工山规范为了证明自己的技术开始挑战学院都市传说中的电子领域“守护神”（极有可能是初春饰利），败北后被警备员逮捕。
6月17日左右
御坂美琴（能力：电击使，排名第三位的超能力者（lv5））在路上遭到不良少年们的搭讪，路过此处的上条乱入想帮忙，两人的孽缘从此开始。
有些不爽上条乱说话的美琴激怒时放出的电流被他的“幻想杀手”能力消除，引起美琴的注意，此后两人数次见面都会演变成“遭遇→决斗→追逐”这样的循环模式。
7月1日—3日（超电磁炮外传小说《能力实演旅行篇》）
俄罗斯东部某城市·学院都市驻俄罗斯协力机关购物中心（d一－sh一ppg）
美琴独自受邀来到俄罗斯东部协力机关购物中心（d一－sh一ppg）参加学园都市与其协力机构共同举办的能力演示会，并遇到了魔法结社“新生之光”的魔法师蕾莎等人。
中途美琴卷入了由法国协力机构策划的利用核武器袭击学园都市的巨大阴谋中，在“新生之光”全员以及留在学院都市友人的帮助下最终解决事件，事件过后回到学院都市。
7月c第一个星期五
英国·伦敦·某酒馆内
上条刀夜和同事田中以及过来搭话的御坂旅掛一起喝酒聊天，某位“原石的少女”突然出现并向刀夜求救，刀夜和田中度过了惊险刺激的一夜。
7月c第二个星期五
高中女生云川芹亚与学院都市统括理事会理事之一的贝积继敏理事在电话中谈论关于“原石”能力者的话题，随后站在走廊上嘲笑被水淋湿的上条当麻。
时间不明（漫画中推断为7月16日前）
在都市内发生多起“虚空爆炸案”，致使多名执行任务的风纪委员负伤。
7月16日
过着日常生活的美琴c白井c初春三人在街上遭遇银行劫案，两名劫匪被在场的白井黑子逮捕，第三名劫匪开车逃跑时被美琴用必杀技“超电磁炮”轰飞，劫案告破，无一人伤亡。
7月17日
上午——
美琴与白井黑子的同事初春饰利在喫茶店内聊天，不过中途白井以工作为由将初春带走，但初春的袖章遗留下来。
另一位不知名的风纪委员出现，并依靠初春遗漏的袖章将美琴误以为是新加入的风纪委员，带她去执行任务，花了半天时间找到小女孩硲舎佳茄的包包之后，美琴的误会解除。
下午——
从误会中脱身的美琴遇见了身处不幸之中（被at机吞钱）的上条当麻，两人随后在河堤上开始决斗，上条又在战斗半途时逃跑，最后还是演变成了一夜的追逐战。
7月18日
美琴与白井讨论“虚空爆炸案”，拥有犯案能力“量子变速”的大能力者（lv4）釧路帷子在谈话中被排除犯案的嫌疑。
美琴c初春以及佐天泪子三人一起去服装店“第七迷雾”买衣服，在店内遇见了帮助小女孩硲舎佳茄买东西的上条当麻，正在此时“第七迷雾”突然发生爆炸，因为有美琴的活跃（其实是上条的功劳）而无人伤亡，事发后在外面得意之际的犯案嫌疑人介旅初矢被美琴抓住，“虚空爆炸案”告破。
7月19日
为了获取都市传说中可以提升能力的道具“幻想御手”的情报，美琴与白井两人前去不良少年聚集的餐厅。
美琴想从不良少年获取“幻想御手”的情报却因为上条的介入而失败，引发混乱，而追逐上条到铁桥上的美琴被他激怒，发动大范围的雷击致使周边地区电力瘫痪。
7月20日（暑假开始）
上午——
“虚空爆炸案”的嫌疑人介旅初矢陷入原因不明的昏迷中，美琴与白井两人去医院调查此事，在医院内与研究员木山春生初次会面。
上条与挂在阳台上出现的茵蒂克丝相识，并请她吃东西，上条在茵蒂克丝离开后也前往学校补习，由于在课上无视班主任月咏小萌老师，补课到黄昏才能离开。
下午——
佐天从隐秘网站下载到载有“幻想御手”的音乐cd，找到初春饰利，想炫耀一下。
美琴c白井与木山春生在医院外的喫茶店内聊天，佐天和初春半途加入，由于从谈话中得知“幻想御手”具有危险性会被收走，佐天并没有说出自己得到音乐cd的情况，各自分别后，美琴察觉到附近有上条的存在，前去找他。
正好回宿舍的上条在半路上遇到美琴，有点嫌麻烦的上条利用美琴不了解自己的能力为由将她哄吓住，两人分别。
回到宿舍的上条见到倒在血泊中的茵蒂克丝，与前来追捕她的魔法师史提尔·马格努斯交战，在战斗中利用消防洒水器淋湿了史提尔的符文卡片封死了他的必杀技“狩猎魔女之王”并将其击败，后带着负伤的茵蒂克丝从宿舍逃脱，前往小萌老师的住处。
在小萌老师的住处，处于觉醒状态的茵蒂克丝（“自动书记”模式）借助小萌老师之手施展“恢复魔法”治愈伤口。
7月21日
上午——
茵蒂克丝苏醒，上条开始借住小萌老师家里让她疗养身体。
白井黑子从初春以及木山春生处调查到“幻想御手”的实体是能够影响人类大脑的音频软件，于是前往某交易地点调查。
在交易地点出现的佐天被不良混混抓住，白井及时出现并与不良们展开战斗，战斗中白井利用摧毁废弃大楼的办法战胜了拥有“偏光能力”的不良头目。
7月23日
女杀手史蒂芬妮·哥杰斯巴莱斯否定同行兼老师的砂皿致密的狙击暗杀风格。
7月24日
上午——
佐天的同学们因使用了佐天提供的“幻想御手”而陆续昏迷，佐天在与初春通电话后也陷入昏迷，全员被“冥土追魂”的医院收治。
赶到医院的美琴与白井从“冥土追魂”医生处得知制作“幻想御手”网络的脑波频率与木山春生相似，判明犯人，同一时间前去与木山谈话的初春无意中发现她的秘密，被木山带走。
逃亡在路上的木山利用“幻想御手”所得到的“多才能力”将拦截她的警备员全部击溃。美琴赶到出事现场与木山交战，交战中的美琴透过电磁波与木山春生的“幻想御手”脑波网络进行了连接，得知了她过去的记忆。
被美琴击败的木山春生从身体之中泄露的ai扩散力场形成了一个形似胎儿的迷之生物体“幻想猛兽”，美琴不得不与处于暴走状态中的“幻想猛兽”交战。
初春饰利在警备员的帮助下播放木山给予她的“幻想御手治愈音频程序”，“幻想猛兽”防御能力被瓦解后就被美琴用“超电磁炮”所消灭，之后木山春生被逮捕，因“幻想御手”而昏迷的人群全部苏醒，初春也赶往医院看望已经苏醒的佐天泪子，“幻想御手”事件结束。
晚上——
茵蒂克丝痊愈，上条决定带她去澡堂洗澡，在去澡堂的路上的上条与同来追捕茵蒂克丝的魔法师神裂火织交战，不敌神裂的上条被击晕。
“幻想猛兽”战斗结束八小时后，美琴与白井因超过宿舍的门禁时限未归被常盘台中学宿舍的舍监逮住。
7月25日
作为违反门禁的处罚，美琴与黑子两人负责打扫学校的游泳池，美琴此时结识了黑子的同学湾内绢保和泡浮万彬。
时间不明（超电磁炮动画一va剧情，依照内容推测为”幻想御手“事件之后，与主时间轴有冲突）
在学院都市的美琴突然感到自己有一种长期处在“被人盯着的感觉”中，精神上也非常衰弱，后通过白井和初春调查发现是警备员（前长点上机学园研究员）城南朝来利用特殊的装置对自己进行实验所至，城南朝来的伪装戳破后被抓获，让美琴感到如释重负。
七月c第四个星期五（推测为7月26日）
狙击手砂皿致密替完不成暗杀任务的史蒂芬妮·哥杰斯巴莱斯善后。
7月27日
晚上——
昏迷三天后的上条当麻苏醒，并从神裂和史提尔口中得知午夜时分将要消除茵蒂克丝的记忆。
心有不甘的上条从小萌老师通电话中得到启示，解开暗藏在茵蒂克丝喉咙深处的“项圈”术式。
7月28日
凌晨—
“项圈”术式被破坏时连带启动了“自动书记”术式反击模式，被操纵的茵蒂克丝用魔法攻击上条。
处在战斗状态下的茵蒂克丝释放魔法“龙王的叹息”将漂浮在宇宙的人造卫星“织女一号”摧毁，搭载在卫星内的超级电脑“树状图的设计者”一同被毁。
在史提尔以及神裂的帮助下，上条拼尽全力救下茵蒂克丝，但上条本人却从此失去了过去的所有记忆。
下午——
上条在医院苏醒，见过茵蒂克丝后与医生“冥土追魂”谈论起自己失忆后的感想。
21：40时学院都市的卫星搜索队将“树状图的设计者”的一部分“残骸”（电脑核心装置）回收。
7月30日
通过对“残骸”的解析，学院都市高层得知“树状图的设计者”被来源不明的大规模热源所摧毁。
8月1日（超电磁炮外传小说《初春篇》，后收录到《魔法目录sp》）
运送卫星燃料的货车被恐怖份子远程遥控，发生紧急事件，接到任务的警备员黄泉川爱穗与初春饰利合力确保货车以及司机的安全。
佣兵狙击手砂皿致密接受学院都市高层的委托，使用钢铁破坏者(taleater)破坏了货车必定要前往的桥梁。
在初春以及黄泉川的努力下，货车安然无恙，而发现恐怖份子行踪的美琴和白井正准备去逮捕幕后主使者。
8月2日~8月9日？（超电磁炮动画第一季原创剧情，与主时间轴有所冲突）
春上衿衣转入初春与佐天的栅川中学，引发“幻想御手”后续的“乱杂开放”事件，御坂美琴以及她的友人们再次大活跃，得以让事件顺利结束，但主谋者木原幻生却逃脱了。
8月上旬或中旬某日（超电磁炮外传小说《某自动贩卖机的存在价值》，收录在《伪典—超电磁炮》，依照内容推测为“乱杂开放”事件之后）
具有风纪委员身份的小女孩木原那由他（木原一族的“缺陷品”）以破坏公物罪和盗窃罪袭击正在踹自动贩卖机的御坂美琴。（实际上是对破坏木原幻生“能力体结晶实验”的御坂美琴报以私仇）
偶然在附近的削板军霸再度把前来复仇的横须贺轻松击倒，受到了工作中的白井黑子的追捕，之后因为好奇而乱入到了美琴与那由他的战斗之中。
被两位超能力者（lv5）的战斗深深震撼到的那由他也想拼劲全力挤进战斗中，但在危急时刻被赶来的“舍监”所制止。
在“舍监”背上醒来的那由他得知自己以后不需要再过过去那种“木原一族”的生活而睡着了，至于御坂美琴与削板军霸则回归到了日常的生活中。
8月8日
上条和茵蒂克丝在购买参考书时与偶遇的蓝发耳环前往冷饮店吃东西，在店内与穿着巫女服的少女姬神秋沙相识，在冷饮店内的姬神向上条借钱，随即被几位黑衣人带走。
史提尔·马格努斯通过结标淡希的“坐标移动”能力来到了“没有门窗的大厦”，与学院都市统括理事长亚雷斯塔·克劳利会面，被告知炼金术师奥雷欧斯·伊萨德（前罗马正教书记官）不仅占据了第七学区内的三泽塾补习班，还掳走了拥有未知能力“吸血杀手”的姬神秋沙。
史提尔·马格努斯此时找上上条，并要求他一起前往三泽塾补习班解救姬神秋沙。
两人进入三泽塾补习班将奥雷欧斯（分身）击破，但却被真正的奥雷欧斯用魔法“金色大衍术”消除部分记忆，之后茵蒂克丝出现在三泽塾补习班，被奥雷欧斯带走。
上条在“幻想杀手”作用下恢复记忆，并在补习班外围目睹罗马正教骑士团施展的魔法“葛利果圣歌”被奥雷欧斯用“金色大衍术”反弹。之后和史提尔重回三泽塾补习班与奥雷欧斯进行最终战斗，战斗中的上条右手被斩断，从断腕处出现的“龙王之首”致使奥雷欧斯败北，三泽塾事件结束。
8月9日
上条的右手被医生“冥土追魂”接回，史提尔和茵蒂克丝来看望他。
上条从史提尔处得知奥雷欧斯从此失忆，但却被史提尔用火焰进行了整容以躲避追杀，从此踏上新的生活。
姬神秋沙的“吸血杀手”之后被清教提供的灵装“凯尔特十字架”所封印，后转入到雾之丘女子学园读书。（由于无突出的能力，只待了一小段时间就转学了。）
时间不明（超电磁炮漫画番外篇《とある暗部の下着論争（○月x日）》，后收录在《伪典－超电磁炮》，依照内容推测在“绝对能力者实验计划”事件之前。）
参与“量产能力者实验计划”的研究员为了决定“妹妹们”所穿的内裤样式，计划参考美琴所使用的内裤，但因为无法拿到样品而派遣了三名“猎犬部队”成员潜入常盘台女子宿舍偷窃，被强悍的舍监给干掉。
研究员们最后为了决定那种样式吵得不可开交之际被买来内裤的芳川桔梗所恐吓。
8月10日
上午——
美琴作了一个关于自己儿时提供dna样本的梦。
美琴与黑子在街上发现有人在小巷内捡取人为散发的银行卡，引起了她们的注意，之手从风纪委员177支部出来的美琴遇到捡取银行卡的佐天泪子，被她硬拉着帮忙了捡取银行卡。
下午——
与佐天分别后的美琴无意中听到一群小混混们盯上了一个到处散发银行卡高中女生，出于好奇，美琴偷偷跟过去围观。
为求财而来的小混混在一栋废墟大楼内抢劫散发银行卡的高中少女，反被高中少女用“寿命中断”（实际上只是语言催眠麻醉针）击溃，少女之后对偷偷观战的美琴说了一些奇怪的话，引起美琴的疑惑。
想要弄清楚真相的美琴透过黑客手段了解到这名少女的资料：长点上机学校三年级学生布束砥信，同时为了彻底解开布束砥信谈论关于自己克隆人的传闻，美琴利用调查来的资料半夜潜入樋口制药·第七药学研究院。
潜入研究院的美琴在电脑内发现与自己有关的“量产能力者实验计划”已被冻结，放心的离开后，某位“妹妹”出现并将研究资料全部删除。
8月11日
心情特别愉快的美琴与黑子谈论自己的烦恼已经消除了。
8月15日
早上——
闲逛游玩的美琴第一次与自己的克隆人妹妹（9982号）偶遇，感到非常震惊，从后续的谈话中美琴得知某个“实验”的存在以及一个“暗号”，由于无法套出更多有用的情报只好拉着妹妹（9982号）游玩了半天。
晚上——
游玩过后的两人道别，妹妹（9982号）在小巷内与某位白发少年见面，晚上21：00，第九九八二次实验正式开始。
美琴通过初春帮忙解开“暗号”，得知了“绝对能力进化实验”的存在，之后追踪“妹妹”而来的美琴在实验现场目睹妹妹（9982号）被白发少年杀害，悲愤之余的她向那位白发少年发起攻击。
但美琴的攻击却对白发少年全都无效，连必杀技“超电磁炮”的攻击都被反射，在白发少年发动攻击前，大批妹妹赶来并阻止了两人继续战斗，白发少年受到警告后离开，离开时向美琴告知了自己的名字：一方通行。
8月16日（杂志连载版标注为15~18日，后漫画单行本修正日期，以单行本为准）
早上——
悲伤的美琴与布束砥信再次见面，表明自己不会就此屈服的决心，之后几天她大肆破坏与“绝对能力进化计划”有关联的研究设施。
破坏活动引起了实验计划高层的关注，实验高层决定雇佣暗部“道具（ite）”来进行防御。
8月19日（漫画单行本日期修正，以单行本为准）
白天——
“道具（ite）”四人（麦野沈利c弗兰达c绢旗最爱c泷壶理后）接到命令后准备迎击潜入研究所的“破坏者”。
弗兰达在水穗机构病理解析研究所埋伏潜入的“破坏者”美琴，中途为了一半的佣金擅自提前行动，遭到美琴的反制，两人追逐至一个封闭的空间内。
布束砥信被邀请来到了与“实验”有关的s制药公司脑神经应用分析所，发现研究人员正在将所有的研究资料进行转移。
在弗兰达的爆破技巧以及欺骗战术的压制下，美琴的能力被迫封锁，遭受弗兰达的打压，但最后还是化险为夷。
正准备审问弗拉达的美琴被赶来的麦野沈利以及泷壶理后逼退到通风管道内。
在实验地另一处的布束砥信正准备趁乱进行妨碍“实验”的工作，被埋伏的娟旗最爱捕获，布束砥信之后的下落不明。
在麦野三人的连击下美琴渐渐的被逼入绝境，而在此时察觉了美琴真实身份的麦野却在虚荣心的驱使下支走了弗兰达以及泷壶两人，独自留下来想击败在超能力者（lv5）排名上比自己高一位的美琴。
获得喘息之机的美琴依靠弗兰达遗留下来的炸弹陷阱等道具将处于绝对优势的麦野沈利击退，并在成功摧毁了设施内部的电脑后逃脱。
留下来的麦野从逃脱的研究员那里抢来了“绝对能力进化实验计划”的资料，得知了该实验的全貌。
时间不明(推断为8月19日左右）
晚上——
在深夜使用“钢铁破坏者”狙击一方通行的“妹妹”（番号不明）被一方通行所杀。
8月20日
上午——
御坂美琴一大早就潜入s制药公司脑神经应用分析所内，但发现里面空无一人，因而乐观的以为实验因为她的妨碍被暂停了。
在公园的上条购买饮料的两千日元（纸币）被自动贩卖机吞掉，而在此时路过的美琴则使用能力帮忙，却反而拉响了警报。上条先后认识了白井黑子以及美琴的“妹妹”（有可能为10031号）两人。
拉走“妹妹”离开的美琴因为无法阻止实验而自责，并且对“妹妹”乱发了一通脾气，两人分别。
下午——
分别后的上条又在路上偶遇到另一位“妹妹”（番号不明），“妹妹”帮助他搬运大量的饮料瓶回宿舍。
到达宿舍的上条与“妹妹”见到了土御门元春的义妹：土御门舞夏，回到家门口见到正在为三色猫斯芬克斯除虱子的茵蒂克丝和姬神秋沙两人，“妹妹”用能力替她们解决了这个问题。
晚上
继续调查的美琴发现实验依然在进行，回到宿舍与黑子闲聊后下定决心要彻底解决这个噩梦般的实验。
8月21日
上午——
补习课后想回家的上条在路上碰到了忧郁的美琴，两人谈论了关于超级电脑“树状图的设计者”的话题后分别。
分别后的美琴潜入了位于学院都市二十三学区宇宙开发区域的“树状图的设计者情报收发中心”，发现里面空无一人，之后通过超能力黑入资料库得知“树状图的设计者”被摧毁的报告。
上条又在路上偶遇见想要收养黑猫的“妹妹”（10031号），带着她一起去买饲养宠物的书，上条在买书期间，留在外面的“妹妹”进入小巷内与一方通行进行战斗实验，被杀。
从“树状图的设计者情报收发中心”离开的美琴再度潜入与实验有关的一处研究所大肆破坏，但却通过监控室看到了“妹妹”在小巷内遇害的过程，万念俱灰
从店内出来的上条在小巷内找到妹妹的尸体，于是赶紧通报警备员，可是尸体却在这期间消失，以为看错的上条在小巷深处见到了数十位相同模样“妹妹”以及被杀害的那位“妹妹”尸体，“妹妹们”在确认上条无事后先行离开。
晚上——
为了探寻究竟，上条前往常盘台中学宿舍寻找美琴，被室友白井黑子接待，白井因为突然出现的舍监查房而让上条躲在床底下，自己离开房间。
在床底下的上条发现了暗藏在公仔熊内的“绝对能力进化实验”资料，读完资料后他在大桥上找到了美琴，为阻止美琴实施牺牲自己拯救妹妹的计划，上条被痛苦的美琴用高强力电击所击晕。。
御坂妹（10032号）开始前往第一○○三二次试验地点。
在美琴怀中苏醒的上条说服美琴，一个人前往第一○○三二次实验地点：位于都市西部郊区的派车场。
晚上20：30，第一○○三二次实验正式开始，受到一方通行攻击的御坂妹（10032号）被出现的上条解救，上条与一方通行开战，随后赶来的美琴向御坂妹（10032号）求助，利用分布在全都市的所有“妹妹们”合力消除了一方通行用能力制造出来的电浆体。
非常顽强的上条最终击败了一方通行，“绝对能力进化实验”计划从此以后被永久性冻结，而负伤的上条随后被送往医院救治。
8月22日
上条在病房内苏醒，御坂妹（10032号）c美琴c茵蒂克丝三人先后来探望他，从医院出来的美琴和御坂妹（10032号）在一起时互相透露出了各自的心里话。
日期不明（超电磁炮漫画番外篇《鉄橋は恋の合図》，依照内容推测为8月22之后）
美琴亲手制作了饼干想送给上条，却因为他的出院而未成功，但美琴的心情却变得非常好。
8月c第四个星期五
四位“妹妹”因为恋爱占卜的事情吵翻天，妹妹（10090号）在谈话中透露天井亚雄制作的“妹妹”0号行踪不明也未接入“御坂网络”。
8月下旬某日（从内容上推测为8月27日白天的可能性较大）
刚转入常盘台中学2年级学生婚后光子因为走错宿舍而在“学舍之园”迷了路，遇到正好被海原光贵邀请而急的想要脱身的美琴。
为了脱身，美琴强拉着婚后光子的假装好友逃离，相识的两人开始在“学舍之园”游玩了半天，有些迷糊的婚后光子还将美琴的姓名误认为“海原美月”，直到9月中旬才解开误解。
8月27日（根据第四卷内容推测）
日本·神奈川县某海边
因学校批准的假期而从学院都市出去的上条当麻不得不和自己的双亲c茵蒂克丝来海边旅游，四人后入住海边旅馆“海之家”，他的表妹龙神乙姬半夜入住。
影响全世界的未知魔法“天使坠落”发动，引发英国清教的注意，其所属的魔法师神裂火织和土御门元春前往上条的住处进行调查。
8月28日
早上——
上条起床后发现旅馆内除自己和父亲外所有人的样貌都改变了，赶来神裂火织和土御门元春出现并向上条说明了现状。
晚上——
上条带着神裂去见自己的家人，并在无意间撞见沐浴中的神裂，后在晚上休息时又被从地板下出现的逃狱犯火野神作袭击，俄罗斯成教的修女“米夏·克洛伊洁芙”乱入并击退了火野神作。
8月29日
早上——
上条从新闻中发现火野躲在了自己的老家，之后众人赶到上条的老家将火野神作击倒，但因为土御门的推论将火野神作排除掉了发动魔法的嫌疑。
上条从土御门的推论中得知发动“天使坠落”魔法的犯人居然是用大量附身符无意中摆放出魔法阵型的上条刀夜，“米夏·克洛伊洁芙”于是先一步赶去排除犯人。
傍晚——
赶回旅馆的上条见到自己的父亲，“米夏·克洛伊洁芙”现出了真面目：受到魔法“天使坠落”影响的大天使“神之力·加百列”，“神之力·加百列”为了尽快回到天界而开始排除启动魔法的仪式者（上条刀夜）。
神裂赶来牵制大天使的攻击，上条则带着父亲回旅馆避难，在旅馆内出现的土御门将上条和刀夜击倒，随后使用魔法“赤术式”将上条老家（仪式现场）轰掉，后因自身的排斥反应晕倒。
魔法“天使坠落”解除，大天使“神之力·加百列”回到上界，被天使附身的莎夏·克洛伊洁芙重新取回身体。
8月30日（短篇小说《某预言的目录》，收录在插画师灰村キヨタカ个人网站上）
茵蒂克丝邮购的预言书《馬拉奇的預言》送到了上条宿舍，引发一阵骚动。
8月30~10月2日之间（目录外传小说《神裂篇》）
神裂火炽与牛仔裤店店长c导游小姐三人组队完成的七件任务。
1c调查“拘束职人”艾拉·索的行踪。
2c调查密克罗尼西亚岛被魔法师侵入的真相。
3c防范丹麦港口城市工业地带的某炼铁厂被魔法师破坏。
4c讨伐占领苏格兰北部要塞·连伽码头的魔法生命体：艾尔法尔。
5c防范“海洋监狱”（为关押魔法师犯人特制的运输潜水艇）中的魔法师犯人逃脱。
6c逮捕触犯禁忌的魔法师的奥伦兹，但在抓捕途中遇到相同目的的魔法师“雷维尼亚·芭德薇与她的部下马克·史佩斯，由于奥伦兹据点类似真空环境，因而三人不得不挤在一个封闭的运输容器中前往目的地，在里面的神裂与芭德薇两人却爆发了口角，忍耐到极致的两人刚到据点就打的不分上下。
7c调查北欧五大魔法结社遇袭事件，在调查过程中与布伦希尔德·爱因库特贝尔（圣人（sat）兼有女武神（valkyrie）双重资质）爆发激战，第一战后神裂逐渐了解到了布伦希尔德袭击北欧五大魔法结社的真相，在第二次交战时面对布伦希尔德创造的灵装“主神之枪”以及魔法“最后的如尼”时从容面对，最终利用布伦希尔德的弱点将其击败。
事件结束后的神裂继续为此事善后，后在牛仔裤店店长的调查下发现同属组织内的魔法师理查德·布雷夫为了获取“黑侏儒的知识”（“主神之枪”以及“最后的如尼”都属于黑侏儒的知识）计划绑架曾帮助过布伦希尔德的少年塞利埃·弗拉特里，借以套出情报，最后由神裂等人加以阻止，但理查德·布雷夫并未放弃获取“黑侏儒的知识”。
8月某日（目录外传小说《火星篇》，后收录到《魔法目录sp》，根据内容只能推测此事件发生在9月之前）
晚上——
由于学院都市接收到从火星上传来的奇妙信息，使得一时兴起的茵蒂克丝决定和上条当麻到21学区的天文台游玩，两人中途被魔法师芙蕾斯卷入到骚乱之中。
黄金系魔法结社“拭去黑暗的黎明”所属的魔法师芙蕾斯认为学院都市有研究员培养出的“密着微生物”会对人类有潜在的威胁，因而决定使用腐坏净化的灵装消除掉。（实际上更想通过此次行动来宣传已经没落的“拭去黑暗的黎明”）。
芙蕾斯将上条和茵蒂克丝卷入后事件后，三人与研究“密着微生物”（无智能，单纯是为了研究火星上的“智能微生物”能不能在登陆地球后存活的模仿实验体）的高中生研究员微细乙爱对战，上条独自一人将微细乙爱击败后达成原本的目的。
被击倒的微细乙爱用对讲机与火星上“智能微生物”进行联系，得知它们的想法。
7月20~8月31日之间（psp游戏《科学超电磁炮》外传小说《蛇足cまたはとある事件の终幕》）
长点上机学园女学生相园美央认为自己爱慕的老师西东飒太受到了学校的不公正待遇，计划操控卫星武器hsdc－01（地球旋回加速式磁气照准炮）向学院都市进行复仇，其一系列计划被无意中卷入的御坂美琴等人所阻止。
事件结束后相园美央与御坂美琴一同解救出了被“暗部”白鳄部队关押的西东飒太。
8月31日（暑假最终日）
凌晨——
半夜购物回家的一方通行将找他求助的“妹妹”：最后之作（20001号）带往自己的住所休息。
上条半夜醒来，在茵蒂克丝撕咬中发现自己的暑假作业完全没做，不幸的一天开始。
从宿舍中外出的御坂美琴又遇见老是缠着她的常盘台中学理事长之孙海原光贵，为了甩开烦人的海原，美琴抓住路过的上条当麻充当伪恋人。
无意中真正的海原光贵出现在美琴面前，而伪装成“海原光贵”的阿兹特克魔法师艾扎力开始袭击身旁的上条当麻。
两人追逐至某工地战斗时，艾扎力被倒塌的钢骨压住，此时的艾扎力要求上条答应他的“约定”被躲在墙角的美琴听到，让美琴内心非常的在意，而晕倒的艾扎力被上条交由土御门处理。
睡醒之后的一方通行将最后之作带往餐厅吃饭，发现参与“绝对能力进化实验”研究员天井亚雄在餐厅周围徘徊，一方通行吃完饭后将最后之作独自留在了餐厅，自己则前往绝对能力进化实验所。
神道教魔法师闇咲逢魔强行侵入学院都市。
下午——
到达研究所的一方通行从研究员芳川桔梗处了解到最后之作的特殊性以及研究员天井亚雄最近的不稳定动向，于是决定回餐厅找最后之作。
上条带着茵蒂克丝去餐厅吃饭，冲进来的闇咲逢魔将茵蒂克丝掳走，上条开始到处追寻他们。
一方通行回到餐厅，得知最后之作被天井亚雄带走，之后他前往超能力者“超电磁炮”量产型开发计划的研究所门口将天井亚雄击晕，救下最后之作。
为了拯救最后之作的一方通行开始利用自己的能力将最后之作脑中输入的电子病毒清除，由于使用能力时无法防备而被苏醒过来的天井亚雄枪击成重伤。
从研究所及时赶来的芳川桔梗将最后之作收容到培养器中，与天井亚雄互相对射至昏迷。
暗咲逢魔布置出结界“神乐舞台”，企图从茵蒂克丝脑中获取魔导书《抱朴子》的知识，追踪而至的上条在某栋大厦楼顶发现受到魔导书侵蚀闇咲逢魔以及被绑住的茵蒂克丝，在得知闇咲掳人的动机后，上条决定帮助他解除他心仪女性的诅咒，两人在半夜从学院都市冲了出去。
在医院中苏醒的芳川桔梗从「冥土追魂」处了解到一方通行和最后之作无生命危险，不过一方通行却必须依靠「御坂网络」的补助演算才能维持身体活动以及能力的使用。
9月1日（开学式）
上午——土御门被带到亚雷斯塔的面前，向他通报同属英国清教的魔法师雪莉·克伦威尔侵入学院都市，但因为向亚雷斯塔提出由他来对付雪莉的建议遭到亚雷斯塔的反对，被困在无门窗的大楼内。
经过半宿才回家的上条赶到学校参加开学式。
小萌老师在介绍新的转校生（姬神秋纱）时，茵蒂克丝在此时乱入到上条的班级，不过很快就被小萌老师赶了出去。
无所事事的茵蒂克丝在学校的食堂里与自称转校生的风斩冰华成为朋友，不久之后就在更衣室与上条见面。
上条决定带着风斩和茵蒂克丝去地下街游玩。听到姬神秋纱关于风斩冰华的传闻。
侵入都市的雪莉·克伦威尔与赶来阻挡的白井黑子交战，白井在战斗中被雪莉召唤的石巨人艾利丝所困，最后得到了美琴的救援，雪莉趁乱逃走。
下午——上条带着茵蒂克丝和风斩来到学院都市的地下街游玩。
不久之后，雪莉的攻击致使地下街被迫封闭。困在里面的上条三人与美琴c白井两人相遇。
白井先行将美琴和茵蒂克丝用空间移动送到地面，上条和风斩两人一起另寻出口。
风斩在与雪梨的遭遇战中头部受伤，但也使她了解到自己是非人类的事实。
上条在警备员的协助下救回风斩冰华，将雪莉击退，并得知雪莉的主要目标是茵蒂克丝。
留在地面上的茵蒂克丝与美琴分开，在某工地外遭到石巨人艾利丝的袭击。茵蒂克丝随即启动「强制咏唱」进行反击。
掉入地铁道的风斩冰华赶去解救茵蒂克丝，被雪莉放走。随后赶来的上条却与雪莉对战。
上条在激战中将雪莉击倒，赶往地面解救茵蒂克丝。
在风斩以及上条的努力下，石巨人被破坏，茵蒂克丝安然无恙。
被亚雷斯塔困住的土御门离开，走时还不忘警告亚雷斯塔。
上条来到「冥土追魂」医院检查身体，留在外面的风斩冰华则向茵蒂克丝道别，随即消失在好友面前。
9月3日美国西海岸（加利福尼亚州外海）人工岛城市·学芸都市白天——因为学院都市组织的广域社会调查的活动，御坂美琴c白井黑子c初春饰利c佐天泪子四人来到了美国的学芸都市。
四人在岛上与白人女导演毕芭利·希斯露相识。
从海中突然出现的一架奇异的飞行器与学芸都市的空中防卫队「拉碧塞飞行队」进行战斗，美琴在其中使用能力保护普通游客。
奇异的飞行器在战斗中被击毁。
晚上——对白天的事件充满疑问的美琴决定去探索学芸都市的秘密。
美琴以及偶然跟着她的佐天两人潜入到了影视设施「runcher（大发射架）」内部，并见到了白天所击毁飞行器「云海之蛇」的残骸。
两人在设施内部遭遇「工作人员」奥莉弗·赫丽德，不过奥莉弗却遵照上层的指示将两人放走。
9月4日白天——在宾馆内的美琴一早就受到白井黑子（穿着学院都市特制泳衣）的骚扰。
独自在外面的佐天泪子被「云海之蛇」的驾驶员席琪桃尔抓住，受到她的威胁而去商店买泳衣。
买泳衣途中的佐天与毕芭利·希斯露偶遇，最后在毕芭利的推荐下，佐天给席琪桃尔买了一件非常显眼的宝石比基尼。
「云海之蛇」再次袭来，席琪桃尔的同僚托琪托莉出现并将席琪桃尔带回。
晚上——美琴c黑子c白井三人品尝着晚饭后的甜点。
带着对一系列事件的疑问，佐天泪子决定重回「runcher（大发射架）」内寻求答案。
佐天刚要窥探到设施内部隐藏区域的时候就被「工作人员」奥莉弗逮住。
9月5日白天——因为担心彻夜未归的佐天安危，美琴三人在拥有「读心能力」的风纪委员帮助下得知了佐天的去向。
奥莉弗在上层的指示下准备将佐天泪子秘密「处理掉」。
在最危急时刻下的佐天被乘坐「云海之蛇」而来的席琪桃尔所救。并告知佐天自己隶属的组织（有翼者的归还）即将利用「太阳之蛇（魔法兵器）」发动对学芸都市的毁灭性打击。
晚上——安然回到宾馆的佐天在自己的房间休息，并将自己的所见所闻告知给了三人。
奥莉弗·赫丽德带领特种兵突袭了佐天的房间，不过却被美琴和白井击溃。
在美琴的请求下，奥莉弗答应疏散滞留在学芸都市的全部游客。
学芸都市的高层「经营团队」五人受到了亚雷斯塔的警告。
9月6日避难警报拉响，学芸都市的游客开始登上大型救生艇「红鲑」上逃亡。
学芸都市「拉碧塞飞行队」与「有翼者的归还」展开全面战斗。美琴和白井两人则准备击毁「太阳之蛇」。
在美琴与黑子的攻击下，从天空俯冲而来的三架「太阳之蛇」被毁，但最后也是最具破坏力的第四架「太阳之蛇」却从天而降。
在乘坐「云海之蛇」席琪桃尔的攻击下，美琴与被击晕的黑子困在了一架处于下落中的「太阳之蛇」残骸上面。
通过发动能力对水分子的控，美琴成功的制造出了一对「水之翼」，并带着白井脱离险境。
在空中的美琴追上席琪桃尔以及最后一架「太阳之蛇」，两人随即展开激战。
在美琴一击漂亮的「超电磁炮」攻击下，最后一架「太阳之蛇」开始解体。
「太阳之蛇」所落下的残骸致使身处地面的佐天泪子陷入危险，席琪桃尔见状则驾驶着「云海之蛇」赶去营救。
在佐天的恳求下，席琪桃尔放弃任务，和自己的同僚托琪托莉前去阻止其他同僚攻击救生艇「红鲑」的行动。
战斗结束后的美琴四人乘坐飞机离开了学芸都市。
不知何时，席琪桃尔与托琪托莉准备前往组织（有翼者的归还）的审判庭，接受组织对两人的审判。
9月8日上午——英国·伦敦·圣乔治大教堂（英国清教「必要之恶教会」根据地）
英国清教第零圣堂区「必要之恶教会」最高主教——萝拉·斯图亚特告知史提尔，亚雷斯塔所著的一本魔法原典「法之书」以及能破解此书的罗马正教修女奥索拉·阿奎纳被日本本土教派天草式十字凄教所劫走。另外，原担任此教派的女教皇神裂也不知所踪。
下午——日本·东京·学院都市第七学区茵蒂克丝在与土御门舞夏的谈话时被史提尔带走，并留下字条要上条前往都市外面的废弃剧院‘薄明座’遗址。
学院都市外部区域在‘薄明座’遗址的史提尔以及茵蒂克丝两人与罗马正教派遣支援的修女雅妮丝·桑提斯相见。
上条带着在路上偶然结识的脱线修女奥索拉·阿奎纳赶往‘薄明座’遗址。
在遗址中的众人相见，不过奥索拉·阿奎纳却被突然出现的天草式劫走。
黄昏——二十一名英国骑士派的骑士秘密登陆日本海岸，但一上岸时就遭到了神裂火织毁灭性打击，全员被击晕，土御门随后赶来善后。
晚上——雅妮丝·桑提斯带领自己的罗马正教修女部队「雅妮丝部队」进行整备，准备与上条等人突袭天草式要前往的特殊移动魔法“缩图巡礼”的“涡点”，解救奥索拉·阿奎纳。
晚上十一点，营救计划正式开始，众人来到某游乐园内与天草式十字凄教进行战斗。
战斗中，上条救出奥索拉·阿奎纳，并给她带上英国清教的十字架。（奥索拉从此受洗礼，改信英国清教）
上条与史提尔合力打倒了天草式的代理教皇建宫斋字，战斗结束。
在建宫斋字的述说下，上条对「雅妮丝部队」救人的目的产生疑问。
由于提出想再见一面奥索拉·阿奎纳，上条c茵蒂克丝与露琪亚和安洁莉娜发生战斗，两名修女战败后自行离开。
9月9日清晨——上条c茵蒂克丝c史提尔c建宫斋字四人各自分别，上条准备独自前往未完工的「奥索拉大教堂」解救奥索拉·阿奎纳。
上条打破「奥索大教堂」的结界，史提尔c茵蒂克丝以及天草式的众人赶到，并与「雅妮丝部队」展开激战。
战斗中，茵蒂克丝施展的「魔灭之音」压制住了大部分的修女，但却因罗马正教的修女发动自杀攻击戳破自己的耳膜而遭到反击。
独自一人从混战中脱身的上条与「雅妮丝部队」的首领雅妮丝·桑提斯爆发激战。史提尔的必杀技「猎杀魔女之王」经过天草式众人的改进，足以压制住其他的修女们了。
因为首的雅妮丝被上条击倒，「雅妮丝部队」众人投降，战斗结束。
早上——被送往学院都市医院的上条醒来，见到来探视他的神裂火织。
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故事初始约十几年前
威廉·奥维尔在俄罗斯西部支援了被俄罗斯成教部队追杀的魔法结社“占星施术旅团”并一人击溃了俄罗斯成教的精锐部队。
同一段时期也在法国中部阻止并歼灭了将无辜少女作为“贞德神谕”试验品的法国最大魔法结社奥尔良骑士团。
故事初始约十年前
威廉·奥维尔在多佛尔海峡法国侧解救了被西班牙星教派袭击的英国三公主薇莉安。此后，拒绝了成为“骑士”的邀请离开了英国，为了从外部保护英国而加入了“神之右席”，后以“后方之水”称呼。
英国清教所属十三骑士团之一的先枪骑士团（1stncer）前往日本的一个小山村内找到了站在灰烬之海中的少女:姬神秋沙。
故事初始几年前（御坂美琴童年时代）
童年的御坂美琴出于好心将自己的“dna样本”提供给了不知名的研究所，引发“量产型能力者计划”启动。
故事初始几年前（食蜂操祈少年时代）
“量产型能力者计划”第一个实验体“妹妹”0号（多莉）诞生，由于出生时的缺陷，“妹妹”0号身体中不得不植入特殊的机械来维持自己的生命。
在研究员的安排下，同在一间研究所的食蜂操祈与孤独的多莉成为朋友，熟悉后的多莉亲昵的称呼食蜂为“小咪”。（很可能是食蜂利用心理掌握的能力将自己伪装成多莉过去的友人，不过多莉似乎早已发现了这个谎言）
与食蜂一同玩耍的多莉因克隆人的寿命到达临界点而开始倒下，昏迷前的多莉希望食蜂操祈能够告知她的真名，看到唯一好友被带走的食蜂消沉下来，不知何时，前来的女研究员告知她多莉已经死亡的消息。
依靠自身能力独自调查的食蜂从研究员团体“才人工房”口中得知了“exteri一r实验计划”的完成需要依靠食蜂以及多莉，而且该实验完成时自己也会被无情的处理掉。
为了自己目的的食蜂开始反击，将“exteri一r实验计划”有关联的人全部洗脑并置于自己的暗中支配下（而且无论用何种手段被洗脑者也不会说出有关于实验的任何情报），做好以上计划的食蜂操祈进入常盘台学院就读。
故事初始约三年前（目录动画剧场版《恩底弥翁的奇迹》）
已经活了1000年的不死者魔女雷蒂丽·唐格罗德为了获得死亡的解脱在学院都市企业“星轨之门社（一rbitp一rtal）”开发的试验性航天客机“猎户座号”上动手脚，实验自己能不能自杀成功，引发航天飞机降落时的坠机事故。
坠机事故发生时机长代达罗斯·赛昆齐亚之女莎特奥拉·赛昆齐亚以自己的“愿望”创造出了一个“愿望”的集合体女孩鸣护·艾丽莎，艾丽莎歌唱所引发的“奇迹”让机上的88名乘客与机组成员全都安然无恙，但其代价是莎特奥拉失去了自己的父亲以及音感，事故后为了纪念此次“奇迹”而被称为“88人的奇迹”。（莎特奥拉之父的死亡因为报道的错误的而被抹去了记录）
引发“猎户座号事件”的雷蒂丽·唐格罗德虽然觉得自己的实验失败，但却对诞生的非人类鸣护·艾丽莎产生浓厚的兴趣，之后将濒临破产的“星轨之门社（一rbitp一rtal）”收购，开始建造世界第一座宇宙电梯“恩底弥翁”，希望借此发动可以让整个北半球毁灭的魔法阵，借此实验自己能不能死去，而其魔法的核心则准备利用鸣护·艾丽莎来担任。
故事初始约一年前秋季至冬季
超能力者（lv5）中排名第一位的一方通行受邀参加了“绝对能力实验计划”，在研究所的初次实验中将妹妹（1号）杀害。
超电磁炮漫画番外篇《两个新人的研习》
白井黑子与初春饰利在风纪委员训练所初次相识，之后两人与固法美伟前辈在邮局办事时卷入抢劫案，由于白井在对峙劫犯时过于鲁莽导致为了保护她的固法前辈受伤。
在某位路过的超能力者（美琴）暗中帮助下，白井制服拥有“绝对等速”能力的抢劫犯，案件告破，而白井的“空间移动”能力也在这次事件中得以显现。
1月c第三个星期五
无能力武装集团“skill一ut”三笨蛋（驹场利德c滨面仕上c半藏）半夜盗窃at机被警备员黄泉川爱穗逮捕，三人关押后半藏透露自己对黄泉川一见钟情。
2月c第一个星期五
英国·伦敦
神裂与牛仔裤店店长遇见了剪牛仔裤魔:自称瓦尔基里的少女，由于被少女和店长的色情言论所挑衅，愤怒的神裂将店长和少女一同讨伐。
2月c第四个星期五
意大利·米兰
在外国出差归途中的上条刀夜想在魔草调配师芭尔比娜处购买奇怪的土特产送给儿子当麻，与追捕芭比娜的上司：罗马正教修女丽多薇雅·罗伦婕蒂相识。
有些担心自己儿子的刀夜向修女吐露出了心中的烦恼，太过热心的丽多薇雅听完后将芭尔比娜的灵装”黑色软泥“作为幸运附身符赠送给他。（魔法“天使坠落”形成原因之一）
3月c第三个星期五（3月15日）
削板军霸（能力：念动炮弹，排名第七位的超能力者）在小巷内将遭到抢劫的原谷矢文救出，随后只用三拳就将不良头目：自称对能力者战斗专家的横须贺打倒。
4月c第一个星期五
巴西·里约热内卢
贫穷的巴西少女伊捏丝想对作恶多端的进行复仇时被自称综合顾问的御坂旅掛所阻止。
听从旅掛建议，伊捏丝日后以回收废旧家电事业为基础白手起家成为了成功商人，开始向记者讲述这一段趣闻。
4月c第四个星期五
白井黑子在自己学校专属的美容院内理发，并和理发师坂島道端闲谈一些关于"原石"以及冷战时代开发超能力者等等传闻。
5月11日（8月11日的三个月前）
妹妹（9982号）在某研究所内诞生，后听从女研究员的命令，妹妹（9982号）着手处理数十位“妹妹”的尸体。
5月c第二个星期五
意大利·米兰
本应成为“魔神”男人欧雷尔斯从人贩子手中解救出100多个小孩子，将小孩子们交给同居的席薇亚（圣人，同时也是英国王室派的皇家侍女）后，奥莱尔斯离开了米兰城去完成某件事情。
5月c第三个礼拜五左右
滨面仕上与追随自己好友半藏而来的女忍者小郭首次相识。
5月c第四个星期五
滨面仕上关于自己的好友半藏是不是“超级忍者”的猜想，被女忍者小郭用色诱术消除。
5月－6月之间某日（设定中冬服与夏服换装的时段之前）
“量产型能力者计划”的参与者布束砥信陪同一名“妹妹”从实验室出去进行“外部实习”，在谈话间被“妹妹”的单纯所感染，有了拯救她们的想法。
6月c第二个星期五
具有黑客技术的工山规范为了证明自己的技术开始挑战学院都市传说中的电子领域“守护神”（极有可能是初春饰利），败北后被警备员逮捕。
6月17日左右
御坂美琴（能力：电击使，排名第三位的超能力者（lv5））在路上遭到不良少年们的搭讪，路过此处的上条乱入想帮忙，两人的孽缘从此开始。
有些不爽上条乱说话的美琴激怒时放出的电流被他的“幻想杀手”能力消除，引起美琴的注意，此后两人数次见面都会演变成“遭遇→决斗→追逐”这样的循环模式。
7月1日—3日（超电磁炮外传小说《能力实演旅行篇》）
俄罗斯东部某城市·学院都市驻俄罗斯协力机关购物中心（d一－sh一ppg）
美琴独自受邀来到俄罗斯东部协力机关购物中心（d一－sh一ppg）参加学园都市与其协力机构共同举办的能力演示会，并遇到了魔法结社“新生之光”的魔法师蕾莎等人。
中途美琴卷入了由法国协力机构策划的利用核武器袭击学园都市的巨大阴谋中，在“新生之光”全员以及留在学院都市友人的帮助下最终解决事件，事件过后回到学院都市。
7月c第一个星期五
英国·伦敦·某酒馆内
上条刀夜和同事田中以及过来搭话的御坂旅掛一起喝酒聊天，某位“原石的少女”突然出现并向刀夜求救，刀夜和田中度过了惊险刺激的一夜。
7月c第二个星期五
高中女生云川芹亚与学院都市统括理事会理事之一的贝积继敏理事在电话中谈论关于“原石”能力者的话题，随后站在走廊上嘲笑被水淋湿的上条当麻。
时间不明（漫画中推断为7月16日前）
在都市内发生多起“虚空爆炸案”，致使多名执行任务的风纪委员负伤。
7月16日
过着日常生活的美琴c白井c初春三人在街上遭遇银行劫案，两名劫匪被在场的白井黑子逮捕，第三名劫匪开车逃跑时被美琴用必杀技“超电磁炮”轰飞，劫案告破，无一人伤亡。
7月17日
上午——
美琴与白井黑子的同事初春饰利在喫茶店内聊天，不过中途白井以工作为由将初春带走，但初春的袖章遗留下来。
另一位不知名的风纪委员出现，并依靠初春遗漏的袖章将美琴误以为是新加入的风纪委员，带她去执行任务，花了半天时间找到小女孩硲舎佳茄的包包之后，美琴的误会解除。
下午——
从误会中脱身的美琴遇见了身处不幸之中（被at机吞钱）的上条当麻，两人随后在河堤上开始决斗，上条又在战斗半途时逃跑，最后还是演变成了一夜的追逐战。
7月18日
美琴与白井讨论“虚空爆炸案”，拥有犯案能力“量子变速”的大能力者（lv4）釧路帷子在谈话中被排除犯案的嫌疑。
美琴c初春以及佐天泪子三人一起去服装店“第七迷雾”买衣服，在店内遇见了帮助小女孩硲舎佳茄买东西的上条当麻，正在此时“第七迷雾”突然发生爆炸，因为有美琴的活跃（其实是上条的功劳）而无人伤亡，事发后在外面得意之际的犯案嫌疑人介旅初矢被美琴抓住，“虚空爆炸案”告破。
7月19日
为了获取都市传说中可以提升能力的道具“幻想御手”的情报，美琴与白井两人前去不良少年聚集的餐厅。
美琴想从不良少年获取“幻想御手”的情报却因为上条的介入而失败，引发混乱，而追逐上条到铁桥上的美琴被他激怒，发动大范围的雷击致使周边地区电力瘫痪。
7月20日（暑假开始）
上午——
“虚空爆炸案”的嫌疑人介旅初矢陷入原因不明的昏迷中，美琴与白井两人去医院调查此事，在医院内与研究员木山春生初次会面。
上条与挂在阳台上出现的茵蒂克丝相识，并请她吃东西，上条在茵蒂克丝离开后也前往学校补习，由于在课上无视班主任月咏小萌老师，补课到黄昏才能离开。
下午——
佐天从隐秘网站下载到载有“幻想御手”的音乐cd，找到初春饰利，想炫耀一下。
美琴c白井与木山春生在医院外的喫茶店内聊天，佐天和初春半途加入，由于从谈话中得知“幻想御手”具有危险性会被收走，佐天并没有说出自己得到音乐cd的情况，各自分别后，美琴察觉到附近有上条的存在，前去找他。
正好回宿舍的上条在半路上遇到美琴，有点嫌麻烦的上条利用美琴不了解自己的能力为由将她哄吓住，两人分别。
回到宿舍的上条见到倒在血泊中的茵蒂克丝，与前来追捕她的魔法师史提尔·马格努斯交战，在战斗中利用消防洒水器淋湿了史提尔的符文卡片封死了他的必杀技“狩猎魔女之王”并将其击败，后带着负伤的茵蒂克丝从宿舍逃脱，前往小萌老师的住处。
在小萌老师的住处，处于觉醒状态的茵蒂克丝（“自动书记”模式）借助小萌老师之手施展“恢复魔法”治愈伤口。
7月21日
上午——
茵蒂克丝苏醒，上条开始借住小萌老师家里让她疗养身体。
白井黑子从初春以及木山春生处调查到“幻想御手”的实体是能够影响人类大脑的音频软件，于是前往某交易地点调查。
在交易地点出现的佐天被不良混混抓住，白井及时出现并与不良们展开战斗，战斗中白井利用摧毁废弃大楼的办法战胜了拥有“偏光能力”的不良头目。
7月23日
女杀手史蒂芬妮·哥杰斯巴莱斯否定同行兼老师的砂皿致密的狙击暗杀风格。
7月24日
上午——
佐天的同学们因使用了佐天提供的“幻想御手”而陆续昏迷，佐天在与初春通电话后也陷入昏迷，全员被“冥土追魂”的医院收治。
赶到医院的美琴与白井从“冥土追魂”医生处得知制作“幻想御手”网络的脑波频率与木山春生相似，判明犯人，同一时间前去与木山谈话的初春无意中发现她的秘密，被木山带走。
逃亡在路上的木山利用“幻想御手”所得到的“多才能力”将拦截她的警备员全部击溃。美琴赶到出事现场与木山交战，交战中的美琴透过电磁波与木山春生的“幻想御手”脑波网络进行了连接，得知了她过去的记忆。
被美琴击败的木山春生从身体之中泄露的ai扩散力场形成了一个形似胎儿的迷之生物体“幻想猛兽”，美琴不得不与处于暴走状态中的“幻想猛兽”交战。
初春饰利在警备员的帮助下播放木山给予她的“幻想御手治愈音频程序”，“幻想猛兽”防御能力被瓦解后就被美琴用“超电磁炮”所消灭，之后木山春生被逮捕，因“幻想御手”而昏迷的人群全部苏醒，初春也赶往医院看望已经苏醒的佐天泪子，“幻想御手”事件结束。
晚上——
茵蒂克丝痊愈，上条决定带她去澡堂洗澡，在去澡堂的路上的上条与同来追捕茵蒂克丝的魔法师神裂火织交战，不敌神裂的上条被击晕。
“幻想猛兽”战斗结束八小时后，美琴与白井因超过宿舍的门禁时限未归被常盘台中学宿舍的舍监逮住。
7月25日
作为违反门禁的处罚，美琴与黑子两人负责打扫学校的游泳池，美琴此时结识了黑子的同学湾内绢保和泡浮万彬。
时间不明（超电磁炮动画一va剧情，依照内容推测为”幻想御手“事件之后，与主时间轴有冲突）
在学院都市的美琴突然感到自己有一种长期处在“被人盯着的感觉”中，精神上也非常衰弱，后通过白井和初春调查发现是警备员（前长点上机学园研究员）城南朝来利用特殊的装置对自己进行实验所至，城南朝来的伪装戳破后被抓获，让美琴感到如释重负。
七月c第四个星期五（推测为7月26日）
狙击手砂皿致密替完不成暗杀任务的史蒂芬妮·哥杰斯巴莱斯善后。
7月27日
晚上——
昏迷三天后的上条当麻苏醒，并从神裂和史提尔口中得知午夜时分将要消除茵蒂克丝的记忆。
心有不甘的上条从小萌老师通电话中得到启示，解开暗藏在茵蒂克丝喉咙深处的“项圈”术式。
7月28日
凌晨—
“项圈”术式被破坏时连带启动了“自动书记”术式反击模式，被操纵的茵蒂克丝用魔法攻击上条。
处在战斗状态下的茵蒂克丝释放魔法“龙王的叹息”将漂浮在宇宙的人造卫星“织女一号”摧毁，搭载在卫星内的超级电脑“树状图的设计者”一同被毁。
在史提尔以及神裂的帮助下，上条拼尽全力救下茵蒂克丝，但上条本人却从此失去了过去的所有记忆。
下午——
上条在医院苏醒，见过茵蒂克丝后与医生“冥土追魂”谈论起自己失忆后的感想。
21：40时学院都市的卫星搜索队将“树状图的设计者”的一部分“残骸”（电脑核心装置）回收。
7月30日
通过对“残骸”的解析，学院都市高层得知“树状图的设计者”被来源不明的大规模热源所摧毁。
8月1日（超电磁炮外传小说《初春篇》，后收录到《魔法目录sp》）
运送卫星燃料的货车被恐怖份子远程遥控，发生紧急事件，接到任务的警备员黄泉川爱穗与初春饰利合力确保货车以及司机的安全。
佣兵狙击手砂皿致密接受学院都市高层的委托，使用钢铁破坏者(taleater)破坏了货车必定要前往的桥梁。
在初春以及黄泉川的努力下，货车安然无恙，而发现恐怖份子行踪的美琴和白井正准备去逮捕幕后主使者。
8月2日~8月9日？（超电磁炮动画第一季原创剧情，与主时间轴有所冲突）
春上衿衣转入初春与佐天的栅川中学，引发“幻想御手”后续的“乱杂开放”事件，御坂美琴以及她的友人们再次大活跃，得以让事件顺利结束，但主谋者木原幻生却逃脱了。
8月上旬或中旬某日（超电磁炮外传小说《某自动贩卖机的存在价值》，收录在《伪典—超电磁炮》，依照内容推测为“乱杂开放”事件之后）
具有风纪委员身份的小女孩木原那由他（木原一族的“缺陷品”）以破坏公物罪和盗窃罪袭击正在踹自动贩卖机的御坂美琴。（实际上是对破坏木原幻生“能力体结晶实验”的御坂美琴报以私仇）
偶然在附近的削板军霸再度把前来复仇的横须贺轻松击倒，受到了工作中的白井黑子的追捕，之后因为好奇而乱入到了美琴与那由他的战斗之中。
被两位超能力者（lv5）的战斗深深震撼到的那由他也想拼劲全力挤进战斗中，但在危急时刻被赶来的“舍监”所制止。
在“舍监”背上醒来的那由他得知自己以后不需要再过过去那种“木原一族”的生活而睡着了，至于御坂美琴与削板军霸则回归到了日常的生活中。
8月8日
上条和茵蒂克丝在购买参考书时与偶遇的蓝发耳环前往冷饮店吃东西，在店内与穿着巫女服的少女姬神秋沙相识，在冷饮店内的姬神向上条借钱，随即被几位黑衣人带走。
史提尔·马格努斯通过结标淡希的“坐标移动”能力来到了“没有门窗的大厦”，与学院都市统括理事长亚雷斯塔·克劳利会面，被告知炼金术师奥雷欧斯·伊萨德（前罗马正教书记官）不仅占据了第七学区内的三泽塾补习班，还掳走了拥有未知能力“吸血杀手”的姬神秋沙。
史提尔·马格努斯此时找上上条，并要求他一起前往三泽塾补习班解救姬神秋沙。
两人进入三泽塾补习班将奥雷欧斯（分身）击破，但却被真正的奥雷欧斯用魔法“金色大衍术”消除部分记忆，之后茵蒂克丝出现在三泽塾补习班，被奥雷欧斯带走。
上条在“幻想杀手”作用下恢复记忆，并在补习班外围目睹罗马正教骑士团施展的魔法“葛利果圣歌”被奥雷欧斯用“金色大衍术”反弹。之后和史提尔重回三泽塾补习班与奥雷欧斯进行最终战斗，战斗中的上条右手被斩断，从断腕处出现的“龙王之首”致使奥雷欧斯败北，三泽塾事件结束。
8月9日
上条的右手被医生“冥土追魂”接回，史提尔和茵蒂克丝来看望他。
上条从史提尔处得知奥雷欧斯从此失忆，但却被史提尔用火焰进行了整容以躲避追杀，从此踏上新的生活。
姬神秋沙的“吸血杀手”之后被清教提供的灵装“凯尔特十字架”所封印，后转入到雾之丘女子学园读书。（由于无突出的能力，只待了一小段时间就转学了。）
时间不明（超电磁炮漫画番外篇《とある暗部の下着論争（○月x日）》，后收录在《伪典－超电磁炮》，依照内容推测在“绝对能力者实验计划”事件之前。）
参与“量产能力者实验计划”的研究员为了决定“妹妹们”所穿的内裤样式，计划参考美琴所使用的内裤，但因为无法拿到样品而派遣了三名“猎犬部队”成员潜入常盘台女子宿舍偷窃，被强悍的舍监给干掉。
研究员们最后为了决定那种样式吵得不可开交之际被买来内裤的芳川桔梗所恐吓。
8月10日
上午——
美琴作了一个关于自己儿时提供dna样本的梦。
美琴与黑子在街上发现有人在小巷内捡取人为散发的银行卡，引起了她们的注意，之手从风纪委员177支部出来的美琴遇到捡取银行卡的佐天泪子，被她硬拉着帮忙了捡取银行卡。
下午——
与佐天分别后的美琴无意中听到一群小混混们盯上了一个到处散发银行卡高中女生，出于好奇，美琴偷偷跟过去围观。
为求财而来的小混混在一栋废墟大楼内抢劫散发银行卡的高中少女，反被高中少女用“寿命中断”（实际上只是语言催眠麻醉针）击溃，少女之后对偷偷观战的美琴说了一些奇怪的话，引起美琴的疑惑。
想要弄清楚真相的美琴透过黑客手段了解到这名少女的资料：长点上机学校三年级学生布束砥信，同时为了彻底解开布束砥信谈论关于自己克隆人的传闻，美琴利用调查来的资料半夜潜入樋口制药·第七药学研究院。
潜入研究院的美琴在电脑内发现与自己有关的“量产能力者实验计划”已被冻结，放心的离开后，某位“妹妹”出现并将研究资料全部删除。
8月11日
心情特别愉快的美琴与黑子谈论自己的烦恼已经消除了。
8月15日
早上——
闲逛游玩的美琴第一次与自己的克隆人妹妹（9982号）偶遇，感到非常震惊，从后续的谈话中美琴得知某个“实验”的存在以及一个“暗号”，由于无法套出更多有用的情报只好拉着妹妹（9982号）游玩了半天。
晚上——
游玩过后的两人道别，妹妹（9982号）在小巷内与某位白发少年见面，晚上21：00，第九九八二次实验正式开始。
美琴通过初春帮忙解开“暗号”，得知了“绝对能力进化实验”的存在，之后追踪“妹妹”而来的美琴在实验现场目睹妹妹（9982号）被白发少年杀害，悲愤之余的她向那位白发少年发起攻击。
但美琴的攻击却对白发少年全都无效，连必杀技“超电磁炮”的攻击都被反射，在白发少年发动攻击前，大批妹妹赶来并阻止了两人继续战斗，白发少年受到警告后离开，离开时向美琴告知了自己的名字：一方通行。
8月16日（杂志连载版标注为15~18日，后漫画单行本修正日期，以单行本为准）
早上——
悲伤的美琴与布束砥信再次见面，表明自己不会就此屈服的决心，之后几天她大肆破坏与“绝对能力进化计划”有关联的研究设施。
破坏活动引起了实验计划高层的关注，实验高层决定雇佣暗部“道具（ite）”来进行防御。
8月19日（漫画单行本日期修正，以单行本为准）
白天——
“道具（ite）”四人（麦野沈利c弗兰达c绢旗最爱c泷壶理后）接到命令后准备迎击潜入研究所的“破坏者”。
弗兰达在水穗机构病理解析研究所埋伏潜入的“破坏者”美琴，中途为了一半的佣金擅自提前行动，遭到美琴的反制，两人追逐至一个封闭的空间内。
布束砥信被邀请来到了与“实验”有关的s制药公司脑神经应用分析所，发现研究人员正在将所有的研究资料进行转移。
在弗兰达的爆破技巧以及欺骗战术的压制下，美琴的能力被迫封锁，遭受弗兰达的打压，但最后还是化险为夷。
正准备审问弗拉达的美琴被赶来的麦野沈利以及泷壶理后逼退到通风管道内。
在实验地另一处的布束砥信正准备趁乱进行妨碍“实验”的工作，被埋伏的娟旗最爱捕获，布束砥信之后的下落不明。
在麦野三人的连击下美琴渐渐的被逼入绝境，而在此时察觉了美琴真实身份的麦野却在虚荣心的驱使下支走了弗兰达以及泷壶两人，独自留下来想击败在超能力者（lv5）排名上比自己高一位的美琴。
获得喘息之机的美琴依靠弗兰达遗留下来的炸弹陷阱等道具将处于绝对优势的麦野沈利击退，并在成功摧毁了设施内部的电脑后逃脱。
留下来的麦野从逃脱的研究员那里抢来了“绝对能力进化实验计划”的资料，得知了该实验的全貌。
时间不明(推断为8月19日左右）
晚上——
在深夜使用“钢铁破坏者”狙击一方通行的“妹妹”（番号不明）被一方通行所杀。
8月20日
上午——
御坂美琴一大早就潜入s制药公司脑神经应用分析所内，但发现里面空无一人，因而乐观的以为实验因为她的妨碍被暂停了。
在公园的上条购买饮料的两千日元（纸币）被自动贩卖机吞掉，而在此时路过的美琴则使用能力帮忙，却反而拉响了警报。上条先后认识了白井黑子以及美琴的“妹妹”（有可能为10031号）两人。
拉走“妹妹”离开的美琴因为无法阻止实验而自责，并且对“妹妹”乱发了一通脾气，两人分别。
下午——
分别后的上条又在路上偶遇到另一位“妹妹”（番号不明），“妹妹”帮助他搬运大量的饮料瓶回宿舍。
到达宿舍的上条与“妹妹”见到了土御门元春的义妹：土御门舞夏，回到家门口见到正在为三色猫斯芬克斯除虱子的茵蒂克丝和姬神秋沙两人，“妹妹”用能力替她们解决了这个问题。
晚上
继续调查的美琴发现实验依然在进行，回到宿舍与黑子闲聊后下定决心要彻底解决这个噩梦般的实验。
8月21日
上午——
补习课后想回家的上条在路上碰到了忧郁的美琴，两人谈论了关于超级电脑“树状图的设计者”的话题后分别。
分别后的美琴潜入了位于学院都市二十三学区宇宙开发区域的“树状图的设计者情报收发中心”，发现里面空无一人，之后通过超能力黑入资料库得知“树状图的设计者”被摧毁的报告。
上条又在路上偶遇见想要收养黑猫的“妹妹”（10031号），带着她一起去买饲养宠物的书，上条在买书期间，留在外面的“妹妹”进入小巷内与一方通行进行战斗实验，被杀。
从“树状图的设计者情报收发中心”离开的美琴再度潜入与实验有关的一处研究所大肆破坏，但却通过监控室看到了“妹妹”在小巷内遇害的过程，万念俱灰
从店内出来的上条在小巷内找到妹妹的尸体，于是赶紧通报警备员，可是尸体却在这期间消失，以为看错的上条在小巷深处见到了数十位相同模样“妹妹”以及被杀害的那位“妹妹”尸体，“妹妹们”在确认上条无事后先行离开。
晚上——
为了探寻究竟，上条前往常盘台中学宿舍寻找美琴，被室友白井黑子接待，白井因为突然出现的舍监查房而让上条躲在床底下，自己离开房间。
在床底下的上条发现了暗藏在公仔熊内的“绝对能力进化实验”资料，读完资料后他在大桥上找到了美琴，为阻止美琴实施牺牲自己拯救妹妹的计划，上条被痛苦的美琴用高强力电击所击晕。。
御坂妹（10032号）开始前往第一○○三二次试验地点。
在美琴怀中苏醒的上条说服美琴，一个人前往第一○○三二次实验地点：位于都市西部郊区的派车场。
晚上20：30，第一○○三二次实验正式开始，受到一方通行攻击的御坂妹（10032号）被出现的上条解救，上条与一方通行开战，随后赶来的美琴向御坂妹（10032号）求助，利用分布在全都市的所有“妹妹们”合力消除了一方通行用能力制造出来的电浆体。
非常顽强的上条最终击败了一方通行，“绝对能力进化实验”计划从此以后被永久性冻结，而负伤的上条随后被送往医院救治。
8月22日
上条在病房内苏醒，御坂妹（10032号）c美琴c茵蒂克丝三人先后来探望他，从医院出来的美琴和御坂妹（10032号）在一起时互相透露出了各自的心里话。
日期不明（超电磁炮漫画番外篇《鉄橋は恋の合図》，依照内容推测为8月22之后）
美琴亲手制作了饼干想送给上条，却因为他的出院而未成功，但美琴的心情却变得非常好。
8月c第四个星期五
四位“妹妹”因为恋爱占卜的事情吵翻天，妹妹（10090号）在谈话中透露天井亚雄制作的“妹妹”0号行踪不明也未接入“御坂网络”。
8月下旬某日（从内容上推测为8月27日白天的可能性较大）
刚转入常盘台中学2年级学生婚后光子因为走错宿舍而在“学舍之园”迷了路，遇到正好被海原光贵邀请而急的想要脱身的美琴。
为了脱身，美琴强拉着婚后光子的假装好友逃离，相识的两人开始在“学舍之园”游玩了半天，有些迷糊的婚后光子还将美琴的姓名误认为“海原美月”，直到9月中旬才解开误解。
8月27日（根据第四卷内容推测）
日本·神奈川县某海边
因学校批准的假期而从学院都市出去的上条当麻不得不和自己的双亲c茵蒂克丝来海边旅游，四人后入住海边旅馆“海之家”，他的表妹龙神乙姬半夜入住。
影响全世界的未知魔法“天使坠落”发动，引发英国清教的注意，其所属的魔法师神裂火织和土御门元春前往上条的住处进行调查。
8月28日
早上——
上条起床后发现旅馆内除自己和父亲外所有人的样貌都改变了，赶来神裂火织和土御门元春出现并向上条说明了现状。
晚上——
上条带着神裂去见自己的家人，并在无意间撞见沐浴中的神裂，后在晚上休息时又被从地板下出现的逃狱犯火野神作袭击，俄罗斯成教的修女“米夏·克洛伊洁芙”乱入并击退了火野神作。
8月29日
早上——
上条从新闻中发现火野躲在了自己的老家，之后众人赶到上条的老家将火野神作击倒，但因为土御门的推论将火野神作排除掉了发动魔法的嫌疑。
上条从土御门的推论中得知发动“天使坠落”魔法的犯人居然是用大量附身符无意中摆放出魔法阵型的上条刀夜，“米夏·克洛伊洁芙”于是先一步赶去排除犯人。
傍晚——
赶回旅馆的上条见到自己的父亲，“米夏·克洛伊洁芙”现出了真面目：受到魔法“天使坠落”影响的大天使“神之力·加百列”，“神之力·加百列”为了尽快回到天界而开始排除启动魔法的仪式者（上条刀夜）。
神裂赶来牵制大天使的攻击，上条则带着父亲回旅馆避难，在旅馆内出现的土御门将上条和刀夜击倒，随后使用魔法“赤术式”将上条老家（仪式现场）轰掉，后因自身的排斥反应晕倒。
魔法“天使坠落”解除，大天使“神之力·加百列”回到上界，被天使附身的莎夏·克洛伊洁芙重新取回身体。
8月30日（短篇小说《某预言的目录》，收录在插画师灰村キヨタカ个人网站上）
茵蒂克丝邮购的预言书《馬拉奇的預言》送到了上条宿舍，引发一阵骚动。
8月30~10月2日之间（目录外传小说《神裂篇》）
神裂火炽与牛仔裤店店长c导游小姐三人组队完成的七件任务。
1c调查“拘束职人”艾拉·索的行踪。
2c调查密克罗尼西亚岛被魔法师侵入的真相。
3c防范丹麦港口城市工业地带的某炼铁厂被魔法师破坏。
4c讨伐占领苏格兰北部要塞·连伽码头的魔法生命体：艾尔法尔。
5c防范“海洋监狱”（为关押魔法师犯人特制的运输潜水艇）中的魔法师犯人逃脱。
6c逮捕触犯禁忌的魔法师的奥伦兹，但在抓捕途中遇到相同目的的魔法师“雷维尼亚·芭德薇与她的部下马克·史佩斯，由于奥伦兹据点类似真空环境，因而三人不得不挤在一个封闭的运输容器中前往目的地，在里面的神裂与芭德薇两人却爆发了口角，忍耐到极致的两人刚到据点就打的不分上下。
7c调查北欧五大魔法结社遇袭事件，在调查过程中与布伦希尔德·爱因库特贝尔（圣人（sat）兼有女武神（valkyrie）双重资质）爆发激战，第一战后神裂逐渐了解到了布伦希尔德袭击北欧五大魔法结社的真相，在第二次交战时面对布伦希尔德创造的灵装“主神之枪”以及魔法“最后的如尼”时从容面对，最终利用布伦希尔德的弱点将其击败。
事件结束后的神裂继续为此事善后，后在牛仔裤店店长的调查下发现同属组织内的魔法师理查德·布雷夫为了获取“黑侏儒的知识”（“主神之枪”以及“最后的如尼”都属于黑侏儒的知识）计划绑架曾帮助过布伦希尔德的少年塞利埃·弗拉特里，借以套出情报，最后由神裂等人加以阻止，但理查德·布雷夫并未放弃获取“黑侏儒的知识”。
8月某日（目录外传小说《火星篇》，后收录到《魔法目录sp》，根据内容只能推测此事件发生在9月之前）
晚上——
由于学院都市接收到从火星上传来的奇妙信息，使得一时兴起的茵蒂克丝决定和上条当麻到21学区的天文台游玩，两人中途被魔法师芙蕾斯卷入到骚乱之中。
黄金系魔法结社“拭去黑暗的黎明”所属的魔法师芙蕾斯认为学院都市有研究员培养出的“密着微生物”会对人类有潜在的威胁，因而决定使用腐坏净化的灵装消除掉。（实际上更想通过此次行动来宣传已经没落的“拭去黑暗的黎明”）。
芙蕾斯将上条和茵蒂克丝卷入后事件后，三人与研究“密着微生物”（无智能，单纯是为了研究火星上的“智能微生物”能不能在登陆地球后存活的模仿实验体）的高中生研究员微细乙爱对战，上条独自一人将微细乙爱击败后达成原本的目的。
被击倒的微细乙爱用对讲机与火星上“智能微生物”进行联系，得知它们的想法。
7月20~8月31日之间（psp游戏《科学超电磁炮》外传小说《蛇足cまたはとある事件の终幕》）
长点上机学园女学生相园美央认为自己爱慕的老师西东飒太受到了学校的不公正待遇，计划操控卫星武器hsdc－01（地球旋回加速式磁气照准炮）向学院都市进行复仇，其一系列计划被无意中卷入的御坂美琴等人所阻止。
事件结束后相园美央与御坂美琴一同解救出了被“暗部”白鳄部队关押的西东飒太。
8月31日（暑假最终日）
凌晨——
半夜购物回家的一方通行将找他求助的“妹妹”：最后之作（20001号）带往自己的住所休息。
上条半夜醒来，在茵蒂克丝撕咬中发现自己的暑假作业完全没做，不幸的一天开始。
从宿舍中外出的御坂美琴又遇见老是缠着她的常盘台中学理事长之孙海原光贵，为了甩开烦人的海原，美琴抓住路过的上条当麻充当伪恋人。
无意中真正的海原光贵出现在美琴面前，而伪装成“海原光贵”的阿兹特克魔法师艾扎力开始袭击身旁的上条当麻。
两人追逐至某工地战斗时，艾扎力被倒塌的钢骨压住，此时的艾扎力要求上条答应他的“约定”被躲在墙角的美琴听到，让美琴内心非常的在意，而晕倒的艾扎力被上条交由土御门处理。
睡醒之后的一方通行将最后之作带往餐厅吃饭，发现参与“绝对能力进化实验”研究员天井亚雄在餐厅周围徘徊，一方通行吃完饭后将最后之作独自留在了餐厅，自己则前往绝对能力进化实验所。
神道教魔法师闇咲逢魔强行侵入学院都市。
下午——
到达研究所的一方通行从研究员芳川桔梗处了解到最后之作的特殊性以及研究员天井亚雄最近的不稳定动向，于是决定回餐厅找最后之作。
上条带着茵蒂克丝去餐厅吃饭，冲进来的闇咲逢魔将茵蒂克丝掳走，上条开始到处追寻他们。
一方通行回到餐厅，得知最后之作被天井亚雄带走，之后他前往超能力者“超电磁炮”量产型开发计划的研究所门口将天井亚雄击晕，救下最后之作。
为了拯救最后之作的一方通行开始利用自己的能力将最后之作脑中输入的电子病毒清除，由于使用能力时无法防备而被苏醒过来的天井亚雄枪击成重伤。
从研究所及时赶来的芳川桔梗将最后之作收容到培养器中，与天井亚雄互相对射至昏迷。
暗咲逢魔布置出结界“神乐舞台”，企图从茵蒂克丝脑中获取魔导书《抱朴子》的知识，追踪而至的上条在某栋大厦楼顶发现受到魔导书侵蚀闇咲逢魔以及被绑住的茵蒂克丝，在得知闇咲掳人的动机后，上条决定帮助他解除他心仪女性的诅咒，两人在半夜从学院都市冲了出去。
在医院中苏醒的芳川桔梗从「冥土追魂」处了解到一方通行和最后之作无生命危险，不过一方通行却必须依靠「御坂网络」的补助演算才能维持身体活动以及能力的使用。
9月1日（开学式）
上午——土御门被带到亚雷斯塔的面前，向他通报同属英国清教的魔法师雪莉·克伦威尔侵入学院都市，但因为向亚雷斯塔提出由他来对付雪莉的建议遭到亚雷斯塔的反对，被困在无门窗的大楼内。
经过半宿才回家的上条赶到学校参加开学式。
小萌老师在介绍新的转校生（姬神秋纱）时，茵蒂克丝在此时乱入到上条的班级，不过很快就被小萌老师赶了出去。
无所事事的茵蒂克丝在学校的食堂里与自称转校生的风斩冰华成为朋友，不久之后就在更衣室与上条见面。
上条决定带着风斩和茵蒂克丝去地下街游玩。听到姬神秋纱关于风斩冰华的传闻。
侵入都市的雪莉·克伦威尔与赶来阻挡的白井黑子交战，白井在战斗中被雪莉召唤的石巨人艾利丝所困，最后得到了美琴的救援，雪莉趁乱逃走。
下午——上条带着茵蒂克丝和风斩来到学院都市的地下街游玩。
不久之后，雪莉的攻击致使地下街被迫封闭。困在里面的上条三人与美琴c白井两人相遇。
白井先行将美琴和茵蒂克丝用空间移动送到地面，上条和风斩两人一起另寻出口。
风斩在与雪梨的遭遇战中头部受伤，但也使她了解到自己是非人类的事实。
上条在警备员的协助下救回风斩冰华，将雪莉击退，并得知雪莉的主要目标是茵蒂克丝。
留在地面上的茵蒂克丝与美琴分开，在某工地外遭到石巨人艾利丝的袭击。茵蒂克丝随即启动「强制咏唱」进行反击。
掉入地铁道的风斩冰华赶去解救茵蒂克丝，被雪莉放走。随后赶来的上条却与雪莉对战。
上条在激战中将雪莉击倒，赶往地面解救茵蒂克丝。
在风斩以及上条的努力下，石巨人被破坏，茵蒂克丝安然无恙。
被亚雷斯塔困住的土御门离开，走时还不忘警告亚雷斯塔。
上条来到「冥土追魂」医院检查身体，留在外面的风斩冰华则向茵蒂克丝道别，随即消失在好友面前。
9月3日美国西海岸（加利福尼亚州外海）人工岛城市·学芸都市白天——因为学院都市组织的广域社会调查的活动，御坂美琴c白井黑子c初春饰利c佐天泪子四人来到了美国的学芸都市。
四人在岛上与白人女导演毕芭利·希斯露相识。
从海中突然出现的一架奇异的飞行器与学芸都市的空中防卫队「拉碧塞飞行队」进行战斗，美琴在其中使用能力保护普通游客。
奇异的飞行器在战斗中被击毁。
晚上——对白天的事件充满疑问的美琴决定去探索学芸都市的秘密。
美琴以及偶然跟着她的佐天两人潜入到了影视设施「runcher（大发射架）」内部，并见到了白天所击毁飞行器「云海之蛇」的残骸。
两人在设施内部遭遇「工作人员」奥莉弗·赫丽德，不过奥莉弗却遵照上层的指示将两人放走。
9月4日白天——在宾馆内的美琴一早就受到白井黑子（穿着学院都市特制泳衣）的骚扰。
独自在外面的佐天泪子被「云海之蛇」的驾驶员席琪桃尔抓住，受到她的威胁而去商店买泳衣。
买泳衣途中的佐天与毕芭利·希斯露偶遇，最后在毕芭利的推荐下，佐天给席琪桃尔买了一件非常显眼的宝石比基尼。
「云海之蛇」再次袭来，席琪桃尔的同僚托琪托莉出现并将席琪桃尔带回。
晚上——美琴c黑子c白井三人品尝着晚饭后的甜点。
带着对一系列事件的疑问，佐天泪子决定重回「runcher（大发射架）」内寻求答案。
佐天刚要窥探到设施内部隐藏区域的时候就被「工作人员」奥莉弗逮住。
9月5日白天——因为担心彻夜未归的佐天安危，美琴三人在拥有「读心能力」的风纪委员帮助下得知了佐天的去向。
奥莉弗在上层的指示下准备将佐天泪子秘密「处理掉」。
在最危急时刻下的佐天被乘坐「云海之蛇」而来的席琪桃尔所救。并告知佐天自己隶属的组织（有翼者的归还）即将利用「太阳之蛇（魔法兵器）」发动对学芸都市的毁灭性打击。
晚上——安然回到宾馆的佐天在自己的房间休息，并将自己的所见所闻告知给了三人。
奥莉弗·赫丽德带领特种兵突袭了佐天的房间，不过却被美琴和白井击溃。
在美琴的请求下，奥莉弗答应疏散滞留在学芸都市的全部游客。
学芸都市的高层「经营团队」五人受到了亚雷斯塔的警告。
9月6日避难警报拉响，学芸都市的游客开始登上大型救生艇「红鲑」上逃亡。
学芸都市「拉碧塞飞行队」与「有翼者的归还」展开全面战斗。美琴和白井两人则准备击毁「太阳之蛇」。
在美琴与黑子的攻击下，从天空俯冲而来的三架「太阳之蛇」被毁，但最后也是最具破坏力的第四架「太阳之蛇」却从天而降。
在乘坐「云海之蛇」席琪桃尔的攻击下，美琴与被击晕的黑子困在了一架处于下落中的「太阳之蛇」残骸上面。
通过发动能力对水分子的控，美琴成功的制造出了一对「水之翼」，并带着白井脱离险境。
在空中的美琴追上席琪桃尔以及最后一架「太阳之蛇」，两人随即展开激战。
在美琴一击漂亮的「超电磁炮」攻击下，最后一架「太阳之蛇」开始解体。
「太阳之蛇」所落下的残骸致使身处地面的佐天泪子陷入危险，席琪桃尔见状则驾驶着「云海之蛇」赶去营救。
在佐天的恳求下，席琪桃尔放弃任务，和自己的同僚托琪托莉前去阻止其他同僚攻击救生艇「红鲑」的行动。
战斗结束后的美琴四人乘坐飞机离开了学芸都市。
不知何时，席琪桃尔与托琪托莉准备前往组织（有翼者的归还）的审判庭，接受组织对两人的审判。
9月8日上午——英国·伦敦·圣乔治大教堂（英国清教「必要之恶教会」根据地）
英国清教第零圣堂区「必要之恶教会」最高主教——萝拉·斯图亚特告知史提尔，亚雷斯塔所著的一本魔法原典「法之书」以及能破解此书的罗马正教修女奥索拉·阿奎纳被日本本土教派天草式十字凄教所劫走。另外，原担任此教派的女教皇神裂也不知所踪。
下午——日本·东京·学院都市第七学区茵蒂克丝在与土御门舞夏的谈话时被史提尔带走，并留下字条要上条前往都市外面的废弃剧院‘薄明座’遗址。
学院都市外部区域在‘薄明座’遗址的史提尔以及茵蒂克丝两人与罗马正教派遣支援的修女雅妮丝·桑提斯相见。
上条带着在路上偶然结识的脱线修女奥索拉·阿奎纳赶往‘薄明座’遗址。
在遗址中的众人相见，不过奥索拉·阿奎纳却被突然出现的天草式劫走。
黄昏——二十一名英国骑士派的骑士秘密登陆日本海岸，但一上岸时就遭到了神裂火织毁灭性打击，全员被击晕，土御门随后赶来善后。
晚上——雅妮丝·桑提斯带领自己的罗马正教修女部队「雅妮丝部队」进行整备，准备与上条等人突袭天草式要前往的特殊移动魔法“缩图巡礼”的“涡点”，解救奥索拉·阿奎纳。
晚上十一点，营救计划正式开始，众人来到某游乐园内与天草式十字凄教进行战斗。
战斗中，上条救出奥索拉·阿奎纳，并给她带上英国清教的十字架。（奥索拉从此受洗礼，改信英国清教）
上条与史提尔合力打倒了天草式的代理教皇建宫斋字，战斗结束。
在建宫斋字的述说下，上条对「雅妮丝部队」救人的目的产生疑问。
由于提出想再见一面奥索拉·阿奎纳，上条c茵蒂克丝与露琪亚和安洁莉娜发生战斗，两名修女战败后自行离开。
9月9日清晨——上条c茵蒂克丝c史提尔c建宫斋字四人各自分别，上条准备独自前往未完工的「奥索拉大教堂」解救奥索拉·阿奎纳。
上条打破「奥索大教堂」的结界，史提尔c茵蒂克丝以及天草式的众人赶到，并与「雅妮丝部队」展开激战。
战斗中，茵蒂克丝施展的「魔灭之音」压制住了大部分的修女，但却因罗马正教的修女发动自杀攻击戳破自己的耳膜而遭到反击。
独自一人从混战中脱身的上条与「雅妮丝部队」的首领雅妮丝·桑提斯爆发激战。史提尔的必杀技「猎杀魔女之王」经过天草式众人的改进，足以压制住其他的修女们了。
因为首的雅妮丝被上条击倒，「雅妮丝部队」众人投降，战斗结束。
早上——被送往学院都市医院的上条醒来，见到来探视他的神裂火织。
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